Select a.iNumsk, a.iNum, strNumstr, dtDateb, c.strName, bitScan, strNote 
FROM Base..tblInvoices_Buh a Inner Join Base..tblContractor_Buh c 
ON a.iKF = c.iKF Left Join Income..tblIncomeOrder b 
ON a.iNumsk = b.iNumsk AND a.iNum =b.iNum WHERE
c.iKF <> 468 AND iInvoice in (Select iInvoice From BASE.dbo.qryCostFullWithNorm Where IDZAK in ('выборка ID через контролы формы"))

Where IDZAK in ('выборка ID через контролы формы")

Where IDZAK = ID

Изерлонер
Статистику обновил, отсутствующие ключи добавил. Быстрее не стало

CREATE NONCLUSTERED INDEX [IX_test] ON dbo.qryCostFullWithNorm (IDZAK ASC) INCLUDE (iInvoice) 

Изерлонер
Статистику обновил, отсутствующие ключи добавил. Быстрее не стало

declare @I table(iInvoice (n)varchar(?) primary key clustered);

insert @I
Select DISTINCT iInvoice From BASE.dbo.qryCostFullWithNorm Where IDZAK in ('выборка ID через контролы формы");

Select a.iNumsk, a.iNum, strNumstr, dtDateb, c.strName, bitScan, strNote 
FROM Base..tblInvoices_Buh a Inner Join Base..tblContractor_Buh c 
ON a.iKF = c.iKF Left Join Income..tblIncomeOrder b 
ON a.iNumsk = b.iNumsk AND a.iNum =b.iNum 
inner join @I I on I.iInvoice = ?.iInvoice
WHERE c.iKF <> 468

Where IDZAK in (1413, 1516) -- или любые другие ID количество не ограничено (сколько в соответствующей таблице есть)

CREATE TABLE #IDZAK (IDAZAK INT) 
/*напихать в #IDZAK значений с контролов*/

AND iInvoice in (Select iInvoice From BASE.dbo.qryCostFullWithNorm Where IDZAK in ('выборка ID через контролы формы"))

INNER JOIN  BASE.dbo.qryCostFullWithNorm  CFWN ON CFWN.iInvoice = a.iInvoice  
WHERE 
c.iKF <> 468 AND 
AND CFWN.IDZAK IN (SELECT  IDZAK FROM #IDZAK)